Liste des bases de données existantes sur les olives et les huiles d’olive
L'un des objectifs du projet OLEUM est d'établir une banque de données en libre accès pour stocker non seulement les informations générées par le consortium OLEUM, mais aussi d'être interopérables avec les bases de données existantes relatives à la caractérisation du germoplasme oléicole et des huiles d'olive.
Ce rapport résume plus particulièrement les informations sur les bases de données existantes relatives à Olea europaea, principalement conservées en Europe mais aussi dans d'autres parties du monde. L'information a été recueillie via les partenaires du consortium OLEUM ainsi que par la consultation des publications disponibles et d’Internet.
Un total de 15 bases de données ont été identifiées, dont 10 sont actuellement accessibles sur le Web. Cependant, une base de données accessible ne signifie pas nécessairement que les informations disponibles peuvent être partiellement ou entièrement réutilisées dans une autre base de données; raison pour laquelle il est essentiel de contacter chaque conservateur dans un second temps.
Afin d'identifier un cultivar inconnu d'huile d'olive vierge monovariétale, plusieurs bases de données de référence ont été établies fournissant des données morphologiques, des marqueurs moléculaires de l'ADN et / ou des données chimiques des oliviers et des huiles dans le monde entier. L'identification du cultivar oléicole et l'authentification de l'huile d'olive sont particulièrement importantes pour la protection des marques certifiées telles que l'Appellation d'Origine Protégée (AOP) et l'Indication Géographique Protégée (IGP).
Il n’existe pas apparemment de base de données centralisant les données de passeport de toutes les variétés d'olive répertoriées dans les banques de germoplasme existantes. Toutefois, compte tenu des informations recueillies, il semble qu'un pourcentage important du germoplasme oléicole soit conservé dans les banques de germoplasme européennes; les deux plus importantes sont la Banque Mondiale de Germoplasme oléicole de Cordoue et la collection CRAOLI, pour laquelle des cartes élaïographiques sont également disponibles. Ces cartes comprennent des données morphologiques et agronomiques ainsi qu'une variété de descripteurs moléculaires et chimiques. Un travail considérable a été effectué au cours des deux dernières décennies pour caractériser les cultivars par des marqueurs moléculaires, mais les résultats sont disséminés dans plusieurs bases de données ou publications scientifiques.
Plusieurs bases de données stockent des données sur la composition chimique des huiles d'olive à partir d'analyses chimiques conventionnelles; par exemple, acides gras, triglycérides, données organoleptiques des huiles. Une seule base de données (c.-à-d. la Base de données Nationale Italienne des huiles d'olive vierge extra AOP/IGP) conserve des données issues de mesures isotopiques tout en utilisant une approche métabolomique.
En partageant ou même intégrant des bases de données oléicoles dans le sens des principes de « FAIR data » préconisés par le cadre Horizon 2020, il est prévu de fournir des références correctes aux données, de leur permettre d'être réutilisées, d'augmenter leur reproductibilité et de favoriser les collaborations. Plusieurs plateformes techniques, portails et outils actuellement disponibles pour réaliser une telle gestion de données sont discutés dans le livrable. D'autres tâches sont également décrites pour la collaboration et l'échange de données avec les conservateurs de bases de données identifiées et pour explorer des bases de données non encore répertoriées.